Quando devi emettere una Fattura elettronica devi compilare adeguatamente la sezione anagrafica cliente, in special modo al passo 1 della compilazione controlla che ci sia spuntato il flag su Fattura elettronica e che nella tab "fattura elettronica" ci siano tutti i campi necessari.

poi compila normalmente la tua fattura e se utilizzi un metodo manuale per l'invio all'AdE alla fine, nel menu "documenti" utilizza la funzione :"esporta documento-->esporta XML per fattura elettronica" così da generare correttamente la tua fattura.

Scusa ma tu da che versione arrivavi?
ciao e ben aggiornato
Paluin